現在、養殖されている海藻の病気としては、ノリとマコンブの感染症が問題になっている。ノ リでは細菌性の緑斑病(緑変症)と真菌(かび)性の赤ぐされ病および壷状菌病とよばれる病気が知られている。緑斑病は古くからよばれてきた"穴ぐされ病"に似ているが、その原因菌はまだ確定されていない。原因細菌としてロイコスリックス属、ミクロコックス属、シュードモナス属あるいはビブリオ属の細菌が疑われている。赤ぐされ病はピチウム属の卵菌類(ツユカビ科)のかびが原因菌である。また、壷状菌病の原因菌も鞭毛藻類の壷状菌オルピジオプシスである。一方、マコンブには赤変病菌とよばれる細菌が原因する赤変病が知られている。