消化器腸管系疾患の原因になるウイルスは、主に患者の糞便を介して感染を起こす。糞便に排出されるウイルスは、ロタウイルス、カリシウイルス、ノーウォークウイルス、ＳＲＳＶ、Ａ型肝炎ウイルス、ポリオウイルス、コクサッキーウイルス、エコーウイルス、エンテロウイルス、アデノウイルス等100種類を越える。下痢症を起こすウイルスとしては、ロタウイルス、カリシウイルス、ノーウォークウイルス等が有名である。