真菌の中でかって藻菌類の1群とされていたが、現在は鞭毛菌亜門の卵菌綱を構成している。卵菌の多くは造卵器と造精器とをもっていて、遊走子には2本の鞭毛がある。しかし、そのほかに系統的には別群と考えられている1本の鞭毛をもつものもある。したがって、藻菌類という分類語を用いず、鞭毛菌亜門をツボカビ類、サカゲツボカビ類と卵菌類に分け、接合菌類とともに独立させて取り扱われていることが多い。卵菌類はクサリフクロカビ目、ミズカビ目、フシミズカビ目およびツユカビ目に分けられている。
なお、魚介類の病原真菌として水かび病菌などのサプロレグニア属(ミズカビ目)の卵菌が多く、海藻の病原真菌としてはノリの赤ぐされ病菌(クサリフクロカビ目)や壷状菌(ツユカビ目)などの卵菌が知られている。