サケ科魚類のせっそう病菌が産生する病原因子には菌体内に存在する病原因子(内毒素)として、リポ多糖や細胞表面タンパク質がある。また、菌体外へ産生される毒素(外毒素)として、白血球溶解因子(ロイコシジン)や溶血毒素(サルモリジン)があり、そのほかに金属プロテアーゼやセリンプロテアーゼ、グリセロリン脂質-コレステロール･アシル転移酵素、ホスホリパーゼなどの酵素もこの細菌の病原因子として生化学的あるいは免疫学的に研究されてきた。しかし、これらの病原因子の構造や機能については今後の研究に待たねばならない。