細菌の中には生育環境が悪くなると、芽胞をつくって耐えるものがある。一般に土壌中に生息している細菌で、枯草菌や炭疽菌などのバチルス属と破傷風菌、ボツリヌス菌、ウェルシュ菌のようなクロストリジウム属の細菌が芽胞をつくる。これらの細菌は熱にも乾燥にも強いので、容易に殺菌できないので注意が必要である。