気生菌糸または気中菌糸ともいう。細菌に属する放線菌や真菌(糸状菌またはかび)が基質(天然物や培地)から栄養分を摂取して生育する場合、基質内へ伸ばす菌糸を潜入菌糸または栄養菌糸といい、基質内へ入らず空気中へ伸びる菌糸を気菌糸という。このような微生物では潜入菌糸と気菌糸の形や色も分類の基準になることが多い。ただし、それらの形や状態は培養条件で違い、抗菌性物質を含む培地では気菌糸だけをだす場合もあるといわれる。