非常にまれな場合や、日本では発生がみられていない魚類の原虫は項目として挙げなかった。それらは次の通りである。
コイの消化管を冒すコクシジウム症原虫はアピコンプレックス類のゴウシャ (Goussia carpelli)、サケ科魚類の消化管の寄生病セラトミクサ症原虫はミクソゾア類のセラトミクサ(Ceratomyxa shasta)であり、そのほかキハダ、メバチ、クロマグロなどの筋肉に寄生して、いわゆるジェリーミート状にするヘキサカプスラ(Hexacapsula neothunni)、スズキの中枢神経を冒す脳粘液胞子虫症原虫セプテムカプスラ(Septemcapsula yasunagai)やサケ科魚類の増殖性腎臓病原虫スフェロスポラ(Sphaerospora oncorhynichi)などもミクソゾア類である。