真菌と粘菌(変形菌)を含めた一般的に広く使われる名称で、きのこ、かび、酵母と同様に分類上の用語ではない。普通、細菌は菌類に含めないが、放線菌や粘液細菌のように、一見して菌類に似た細菌を付随的に入れて説明される場合もある。