有色藻門の中の1群でクリプト藻綱を構成する。一般的には鞭毛藻類の1群でもある。ほとんどは単細胞性であるが群体性のものもある。光合成を営み、おもな光合成色素は葉緑素クロロフィル a,cと色素タンパク質のフィコビリンをもっている。遊走細胞は斜め前方に"のど"とよばれる凹部があり、2本の鞭毛(羽型と片羽型)で泳ぐことが特徴である。赤潮または"水の華"の原因になるクリプトモナスなどがこれに属している。