原虫(原生動物)の中のミクソゾアに属する原虫。粘液胞子虫は下等脊椎動物、とくに淡水魚や海水魚の寄生原虫として多種類が発見されている。爬虫類や両生類にもみられることがあるが、哺乳類や鳥類にはみられていない。胞子は2-6個の殻に包まれ、内部には極子をもつ極嚢(きょくのう)と原形質がある。生活環はまず、胞子の殻が開いて原形質がアメーバ状となって放出される。そのアメーバ状体が宿主の血液にのって器官へ定着し、分裂して多核の栄養体へ成長する。わが国では約100種、世界で約1,000種の粘液胞子虫が知られている。わが国ではとくに魚類の側弯症原虫やクドア症原虫などが粘液胞子虫として重要視されている。