原核生物に対応する用語で、動物界、植物界および原生生物界を構成する全ての生物をいう。原生生物界には原生動物(原虫)、真菌、単細胞藻、粘菌(変形菌)が属している。ただし、最近、真菌の中の担子菌類、子嚢菌類、接合菌類、不完全菌類と地衣類(藻類と菌類の共生体)をまとめて菌界とする説が提唱されている。これらの原生生物からヒトを含む哺乳類までの細胞は全て真核細胞であって、基本的にそれらの細胞構造や機能は同じである。
真核細胞は中心に核膜で包まれた核をもち、その中に複数個の染色体が存在する。染色体はヒストンなどの塩基性タンパク質と結合した二重らせん(2本鎖)DNAである。核内には核小体(仁)もみられることがある。一般に有糸分裂で増殖するが、藻類、原虫、真菌、粘菌のように胞子または鞭毛をもった遊走子や栄養細胞自体の発芽で増殖する場合もある。
細胞質内には複雑に分化した膜系の小器官が存在する。呼吸代謝を行うミトコンドリア、光合成を行う葉緑体、タンパク質を合成するリボゾームが多数存在する小胞体、種々の加水分解酵素を含んで高分子物質を消化するリソゾーム、ムコ多糖などを合成するゴルジ体などは重要な膜系の小器官である。細胞質は薄い細胞質膜で包まれているが、高等植物、単細胞藻類および真菌の細胞には細胞質膜の外側に厚い細胞壁がある。しかし、高等動物や原生動物の細胞には細胞壁はない。