原生動物(原虫)、真菌、粘菌(変形菌)とならぶ原生生物界に属し、藻類の中で個体が単一の細胞である藻類をいう。鞭毛藻類(植物性鞭毛虫類)、大部分の珪藻、接合藻と緑藻の一部がこれに属する。例えば鞭毛藻類にはミドリムシ(ユーグレナ)や貝毒の原因である渦鞭毛藻があり、緑藻類にはクロレラや鞭毛をもつクラミドモナスがある。